蒙古帝国分裂之后，蒙古大汗其实已经和元朝皇帝的身份合二为一。虽然名义上，蒙古大汗依旧由包括西道诸王参与的忽里勒台大会选举产生。但由于东道诸王逐渐沦为元朝皇帝的臣属，而西道诸王则形同独立，不再关心大汗之位的归属，所以汗位一直由忽必烈的后代世袭，汗位选举不过是皇位继承后的例行公事，诸王不过是借此获得巨额赏赐而已。但大蒙古国时期汗位继承的混乱与血腥依旧延续到大元朝时期，成为元朝百年而亡的重要原因之一。
设立太子。他的嫡子共四人，由于长子朵儿只早卒，次子真金成为元朝第一位皇太子。为了巩固太子的地位，他还授予真金中书令兼判枢密院事的官衔。此时由于南宋的灭亡、汉人世侯割据局面的结束和西道诸王叛乱的压力，忽必烈对汉化的态度陷于迟滞、消极甚至倒退的地步，对汉人臣僚从重用信任转为猜忌打压，转而任用阿合马等色目高官，推行回回法。但真金从少年时代开始就在名儒姚枢、窦默、王恂的培养下饱读诗书，加之其皇储地位也来自中原传统，因此无论是出于理想信念还是出于巩固地位的需要，都与其父渐行渐远。
阿合马遇刺身亡后，真金支持和礼霍孙厉行改革，遭到忽必烈反对，和礼霍孙被罢免，但阿合马的余党陆世荣也在至元二十二年（1285年）被真金送入监狱。正当政局走向好转之时，不识时务的江南行台御史却上奏要求忽必烈禅让给真金并制止南必皇后【忽必烈的第二任皇后，第一任乃是察必皇后。】干政。这份奏章不论出于何种目的都让真金陷入险境，同情太子的御史台官员尚文将它偷偷压下，但却被阿合马党羽答即古阿散探知。他借题发挥，向忽必烈上奏，要求以钩考账目、防止贪墨为由查阅御史台的案卷以求得到这份奏章扳倒太子。忽必烈不疑有他，责令施行。
答即古阿散拘捕御史台的官吏，搜查御史台的卷宗，尚文拒不交出奏章。答即古阿散回报之后，忽必烈大为震怒，派大宗正薛彻干前去索要。危急时刻，尚文连忙去向御史大夫玉昔帖木儿（博尔术之孙）求救，说答即古阿散此举是上危太子，下陷大臣，流毒天下之民，将动摇国家根基，必须先发制人才能挫败其阴谋。玉昔帖木儿挺身而出，和右丞相安童（木华黎曾孙）一起觐见忽必烈，揭发答即古阿散的阴谋，为太子说情，才让真金免遭此祸。阿合马余党答即古阿散、卢世荣也被处死。但此事对太子真金的精神造成了很大的打击，他深深地感受到了父亲对自己的猜忌，陷入忧惧之中无法自拔，几个月后便抑郁而终，时年四十三岁。
▲《元世祖出猎图》局部，元朝画家刘贯道绘制于至元十七年（1280年），其中骑着黑马、身穿白裘的男子是元世祖忽必烈
真金死时忽必烈已经年逾古稀，众多大臣纷纷上奏请求另立储君，但忽必烈害怕太子重蹈真金的悲剧，长期犹豫不决，导致储位虚悬多年。此时忽必烈发妻察必皇后所生四子中仅剩下幼子那木罕（三子忙哥剌先于真金七年去世），以北平王的身份出镇漠北，按照蒙古幼子守灶的传统是有继位资格的。但那木罕曾在与海都的战争中当过俘虏，并在真金生前就公开表示过自己不能被立为储君的不满，而令忽必烈大怒，因此丧失了继承人的资格。
忽必烈转而决定在真金的儿子中选立一人，至元二十八年（1291年）他任命真金当年的太子詹事完泽为首相，便是明显的信号。真金共有三子，长子甘麻剌，次子答剌麻八剌，幼子铁穆耳。至元二十九年（1292年），答剌麻八剌和那木罕先后去世，皇储的人选已经只剩下甘麻剌和铁穆耳。按照中原的政治传统，甘麻剌作为嫡长孙，被立为储君理所应当，但是蒙元对汉法的采行原本就有限，世祖朝后期汉人的政治势力又日益式微，甘麻剌在名分上并无优势。而铁穆耳不仅深得真金遗孀阔阔真的喜爱，而且作为真金的幼子继位也契合草原传统，因此在忽必烈心中有着远比甘麻剌高的地位。
至元三十年（1293年）六月，自知来日无多的忽必烈将皇太子宝赐给铁穆耳，命他总兵北边，镇守哈拉和林，又命太傅、御史大夫、知枢密院事玉昔帖木儿驻守漠北，辅佐铁穆耳。至元三十一年（1294年）正月壬子朔（一月一日凌晨），忽必烈病入膏肓，无法接受朝贺，伯颜（12361295年）连夜从军中赶回，以知枢密院事的身份掌控大都禁军以备不测。癸酉（一月二十二日），忽必烈驾崩于紫檀殿，享年八十岁。在伯颜的主持下，亲王、大臣们一面按草原旧俗，将忽必烈的灵柩送往漠北安葬，一面派人到哈拉和林向铁穆耳报讯。在伯颜的主持下，大都的局势安定下来，但是作为依旧有着浓厚草原旧制传统的帝国，蒙元的皇位继承并不能如中原王朝那样由皇储自动继位，依旧需要召开忽里勒台大会举行选汗仪式。
▲ 1287年发行的至元宝钞
当年四月，诸王、勋贵、重臣群集上都（原开平），召开忽里勒台大会，选举新的大汗。铁穆耳的对手是晋王甘麻剌，他不仅是铁穆耳的长兄，而且负责管理漠北军马与民众，与蒙古诸王勋贵有颇多的联系。他对于祖父不立自己为储君自然不能心甘，兄弟二人为了皇位不可避免地产生了争执。这次皇位之争最终之所以没有酿成流血政变，有赖于忽必烈旧臣们对铁穆耳的维护。中书省平章不忽木是忽必烈晚年的亲信怯薛，曾推荐完泽出任首相，也是忽必烈病危时极少数能进入寝殿侍奉之人，而忽必烈去世后他成为拥立铁穆耳的核心人物，年龄和官位都比他高的首相完泽反而无法参与。
在召开忽里勒台大会前夕，玉昔帖木儿先发制人，对甘麻剌施加压力说：宫车晏驾，已逾三月，神器不可久虚，宗祧不可乏主。畴昔储闱符玺既有所归，王为宗盟之长，奚俟而不言。甘麻剌被迫同意拥立弟弟：皇帝践祚，愿北面事之。为了防止支持甘麻剌的诸王反对，伯颜握剑立殿陛，陈祖宗宝训，宣扬顾命，述所以立成宗之意，辞色俱厉。面对这位名将与其背后强大军事力量的威慑，诸王无不臣服。此外，真金的遗孀阔阔真也以皇太后的身份支持铁穆耳，为此她要求兄弟两人比赛背诵成吉思汗的训词（必力克），口吃的甘麻剌自然落败。一场政治危机在三位重臣的力争下才得以化解。
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